重庆注册个独企业的缺点如下：
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1、难以筹集大量资金。因为一个人的资金终归有限，以个人名义借难度也较大。因此，独资企业限制了企业的扩展和大规模经营。

2、投资者风险巨大。企业业主对企业负无限责任，在硬化了企业预算约束的同时，也带来了业主承担风险过大的问题，从而限制了业主向风险较大的部门或领域进行投资的活动。这对新兴产业的形成和发展极为不利。

3、企业连续差。企业所有权和经营权高度统一的产权结构，虽然使企业拥有充分的自主权，但这也意味着企业是自然人的企业，业主的病、死，他个人及家属知识和能力的缺乏，都可能导致企业破产。

4、企业内部的基本关系释佣劳动关系，劳资双方利益目标的差异，构成企业内部组织效率的潜在危险。

5、企业的话语权全掌握在一人手中，在企业发展中遇到问题缺少可以商量的人，这样企业的发展不大完善。

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